Фамилия Ижеев почти наверняка связана с рекой Иж, которая течет по Удмуртии и Татарстану с севера на юг. Основатель рода, скорее всего, был уроженцем этих мест, а саму фамилию образовали от прозвища Ижей — так могли называть человека, жившего на берегах Ижа.

Происхождение гидронима Иж — предмет споров, и здесь есть несколько версий. В «Толковом словаре» В. Даля есть слово «их» — особая рыболовная снасть, что могло лечь в основу названия реки. Другая версия отсылает к древнерусскому «иже» — частице и названию буквы «и». Возможно, дьяки четыре века назад шутливо нарекли безымянную реку на своих картах, вспоминая поговорку «Иже да како не солгут никако». Но логичнее всего говорить о смешении финно-угорских и славянских форм. У удмуртов есть близкое по звучанию слово «ыж» — «овца», что тоже могло повлиять на название.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Ижей добавили патронимический суффикс -ев, который указывал на принадлежность («чей?» — Ижеев). Суффикс -ей в прозвище типичен для северных и волжских говоров, где так образовывали обиходные имена от географических названий. Таким образом, потомок человека по прозвищу Ижей со временем стал Ижеевым.

В отличие от более частых фамилий на -ов (Ижов), форма Ижеев встречается реже. Она не связана с городом Ижевском напрямую — тот получил название от реки же, но фамилия могла закрепиться в любой местности, куда переселились выходцы с берегов Ижа.