Фамилия Кабордина — редкий случай, когда сразу понятен её суффикс, но неочевидна основа. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Кабордин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Каборда. В женском роде — Кабордина.

Корень «каборд-» не встречается в древнерусских именах и не связан с распространёнными ремёслами. Это наводит на мысль о заимствовании или диалектном слове. Самая вероятная версия — связь с тюркским «кабур» (могила) или «кабырга» (ребро, бок). В тюркских языках «кабурда» могло означать «могильщик» или «живущий у могилы» — прозвище по месту жительства или занятию. Однако есть и другая гипотеза: в некоторых русских говорах «каборда» — искажённое «кобурда» (сумка, мешок для провизии), так могли прозвать запасливого или носившего что-то при себе человека.

Спор между этими версиями решает география. Фамилия Кабордина встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах долгого контакта с тюркскими народами (татары, башкиры). Поэтому тюркское происхождение основы выглядит убедительнее. Суффикс -ин — чисто русский, так что фамилия образовалась уже в русской среде, когда прозвище Каборда дали человеку, а его дети стали Кабордиными.

Встречаются варианты написания с одной «р» — Кабодина, но это может быть самостоятельная фамилия от другого корня (от «каба» — кабан). Кабордина же — почти наверняка потомок того самого Каборды, чьё прозвище вышло из тюркского быта или местности.