Фамилия Каерова в своей основе имеет мужскую форму Каеров, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Каер. Здесь мы сталкиваемся с типичной восточной (тюркской или иранской) моделью, где суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: «сын Каера» или «из рода Каера». В отличие от русских фамилий, где суффикс часто крепится к крестильному имени, в данном случае корень, скорее всего, нехристианский и бытовал в среде народов Поволжья, Урала или Сибири.

Что могло означать слово «Каер»? Самая правдоподобная версия отсылает к тюркскому «кайыр» или «каер» — «милость», «благосклонность», «доброта». В таком случае прозвище Каер могли дать человеку щедрому или снисходительному. Вторая версия, менее распространённая, связывает корень с башкирским или татарским «кайер» — «польза», «выгода». Тогда фамилия могла закрепиться за рачительным хозяином или удачливым торговцем.

Географически фамилия Каерова встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане и прилегающих областях, реже — в Сибири. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, вероятно, были тюркоязычными башкирами или татарами, которые после крещения или перехода в православие получили фамилию по старому родовому имени. Суффикс -ов, а не -ин, тоже характерен для фамилий, образованных от основ на согласный, что типично для этой языковой среды.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия Каерова выглядит как притяжательное прилагательное женского рода, но по сути это застывшая форма «жена Каерова» или «дочь Каерова». В документах XIX — начала XX века она могла писаться через «ы» — Каерова, или с удвоением — Каеррова, что отражает неустойчивость орфографии при записи иноязычных фамилий. В современной записи вариант без удвоения считается нормативным.