Фамилия Кафыркин — редкая и по-своему загадочная. Сразу бросается в глаза необычная основа «кафыр-», которая не встречается в распространённых русских фамилиях. Чтобы понять её происхождение, нужно заглянуть в старые диалекты и историю межэтнических контактов.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «кафыр» (или «кяфир»), которое в переводе с арабского через турецкое посредничество означает «неверный», «иноверец». В русских говорах, особенно в южных и поволжских регионах, где был тесный контакт с татарами и башкирами, это слово могло закрепиться как прозвище. Кафыром могли назвать человека, который держался старой веры (язычества) после принятия ислама соседями, или, наоборот, крещёного татарина, сохранившего прежние обычаи. Иногда прозвище давали просто упрямому, «неверующему» человеку, который не подчинялся общим правилам. От этого прозвища и образовалась фамилия с типичным русским патронимическим суффиксом -ин, указывающим на принадлежность («чей?» — сын Кафырки).

Суффикс -к- в основе (Кафыр-к-а) — уменьшительно-пренебрежительный, характерный для прозвищной модели. Сначала было прозвище Кафырка, а затем от него пошла фамилия Кафыркин. В пользу этой гипотезы говорит и то, что фамилия почти не встречается за пределами России, а её ареал, по данным современных справочников, тяготеет к Оренбургской области и Башкортостану — регионам, где столетиями жили рядом русские и тюркские народы.

Менее убедительна, но возможна версия о происхождении от греческого имени Кафир (встречается у понтийских греков) или от искажённого кабардинского имени. Однако в русской ономастике такие заимствования обычно получают суффикс -ов, а не -ин, поэтому прозвищная тюркская версия выглядит предпочтительнее. Сословно предки Кафыркиных были, скорее всего, крестьянами или казаками — в дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.