Фамилия Какабаев образована по тюркской модели, но при этом несёт на себе отчётливый отпечаток русского делопроизводства. Основа здесь — личное имя Какабай, которое состоит из двух частей: «кака» и «бай». В тюркских языках, особенно в казахском, киргизском и каракалпакском, «кака» может означать «старший брат», «дядя» или почтительное обращение к старшему мужчине. Вторая часть, «бай», — это традиционный титул «господин», «богач», «хозяин». Таким образом, имя Какабай буквально переводится как «старший брат-господин» или «почтенный старший родственник». Имя давали мальчику, чтобы подчеркнуть уважение к нему в будущем или в честь старшего родственника.

Русский суффикс -ев, добавленный к основе, — это типичный способ адаптации тюркских отчеств в Российской империи. В XIX—XX веках при переписи населения или составлении метрических книг имя отца (Какабай) превращалось в фамилию сына путём прибавления притяжательного суффикса: «чей?» — Какабаев. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей общине как Какабай, и его дети получили фамилию по отцу.

Географически фамилия Какабаев встречается прежде всего у народов Средней Азии и Казахстана, а также у тех, кто переселился в европейскую часть России в советское время. Встречаются варианты написания — Какабаев и Какабайев, второй более близок к исходному произношению, но первый закрепился в официальных документах благодаря русской орфографической норме.

Социальный контекст прост: это не дворянская и не купеческая фамилия. Она принадлежала к крестьянскому или скотоводческому сословию, где имя-прозвище отражало родственные связи и уважение к старшим, а не профессию или место жительства. В отличие от русских фамилий на -ов, которые часто происходят от прозвищ по ремеслу, здесь мы видим чисто именную основу, что типично для тюркских народов, перешедших к фамилиям позже русских.