Фамилия Какадушкин — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа обманчива. На первый взгляд кажется, что в её основе лежит название известной птицы — какаду. Однако в русской ономастике такой путь крайне маловероятен: прозвища по экзотическим животным и птицам давали редко, и уж точно не в глухих деревнях, где фамилия и могла возникнуть. Скорее всего, перед нами пример народного переосмысления, «ложной этимологии», когда незнакомое или неясное слово подтянули под более понятное.

Реальная основа фамилии — диалектное слово «какадушка» или «кокодюшка». В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли коклюш — детскую болезнь с сильным кашлем. Прозвище Какадушка могли дать человеку, который часто и надсадно кашлял, либо ребёнку, тяжело перенёсшему эту болезнь. Суффикс -ушк- здесь уменьшительно-пренебрежительный, типичный для прозвищ по внешнему признаку или состоянию. Модель образования проста: от прозвища Какадушка с помощью патронимического суффикса -ин образовали фамилию Какадушкин («чей?» — сын Какадушки).

Существует и вторая, менее вероятная версия: связь с глаголом «кокать» — стучать, бить. В этом случае «какадушка» могло быть прозвищем человека, который чем-то стучал (например, плотника или бондаря). Однако фонетически форма «какадушка» плохо выводится из «кокать» — тут скорее ожидались бы варианты «Кокушкин» или «Кокарев». Поэтому версия с болезнью остаётся основной.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине. Сословного барьера у неё не было: такие «говорящие» прозвища давали в крестьянской и мещанской среде. Дворянских родов Какадушкиных не существовало.

Из однокоренных фамилий можно назвать Какадуров и Какадуев, но они ещё реже. Интересно, что в современном русском языке фамилия звучит комично из-за ассоциации с попугаем, однако для носителей XVIII–XIX веков эта связь не была очевидной — они слышали в ней бытовое, а не зоологическое значение.