Фамилия Какухова — женская форма фамилии Какухов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Основа «какух-» не встречается в современных русских нарицательных словах, что указывает на её прозвищное или диалектное происхождение. Скорее всего, в основе лежит слово «какуха» — в некоторых русских говорах (например, псковских и тверских) так называли кукушку. Прозвище Какуха могли дать человеку по поведению (любил повторять одно и то же, как кукушка) или по характерному голосу. Фамилии от названий птиц — обычное дело для русской ономастики, но форма «Какухов» встречается реже, чем, скажем, «Соколов» или «Кукушкин».

Суффикс -ов типичен для русских фамилий и указывает на принадлежность: «сын Какуха». Интересно, что в этом случае мы имеем дело не с уменьшительной формой (как, например, Какушкин), а с полным прозвищем, что говорит о его устойчивости. Встречаются и другие версии: от имени Какуха, которое могло быть производным от крестильного имени Кассиан (в народной форме Какуша), или от тюркского корня «каку» (забота, опека), но это менее вероятно, так как географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным областям России.

Фамилия Какухова редкая, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды. В дореволюционных источниках (например, в переписных книгах) она почти не фиксируется, что указывает на позднее оформление — возможно, в XIX веке. Поскольку прозвище было неласковым (кукушка в народе ассоциировалась с одиночеством или пустословием), предок-основатель мог получить его от соседей за какую-то приметную черту. Сегодня фамилия встречается единично, и её обладатели — это, как правило, потомки одного рода, сохранившего редкое прозвище в фамильной памяти.