Фамилия Какухин — редкий пример, где суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Формант -ин в русских фамилиях обычно крепится к основе на -а или -я (Петя — Петин, кума — Кумин), но здесь мы видим нечто иное. Если бы фамилия образовалась от прозвища Какуха, она звучала бы как Какухин — именно так и есть. Суффикс -ин выдаёт севернорусское или восточное происхождение: в новгородских, вятских, архангельских землях отчества на -ин были нормой даже для мужских основ, тогда как юг и центр предпочитали -ов/-ев.

Корень какух- почти наверняка восходит к диалектному слову «какуха» или «какуша». В северных говорах так называли кукушку — звукоподражательное «ку-ку» дало множество вариантов: кукуха, кукуша, какуха (с переходом у в а, что встречается в окающих говорах). Прозвище Какуха мог получить человек с голосом, напоминающим кукушку, либо тот, кто первым замечал прилёт этой птицы. Менее вероятная, но допустимая версия — связь с глаголом «какать» (в значении пачкать, марать): в этом случае прозвище носило бы ироничный или обережный характер, но такое толкование слабее, поскольку фамилия не получила широкого распространения в центральных регионах, где эта лексика была активнее.

В писцовых книгах XVI–XVII веков фамилия не фиксируется — это говорит о её позднем закреплении, скорее всего, среди крестьянства или однодворцев. Носители Какухиных встречаются в основном в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает северный след. Сословная принадлежность: вероятнее всего, государственные или монастырские крестьяне, не имевшие права перехода, поэтому фамилия осталась локальной.

Сравнение с однокоренными фамилиями показательно: Какушкин, Кукушкин, Кукухин — все они держатся в тех же широтах, от Вологды до Урала. Какухин стоит особняком из-за акающего варианта корня, который мог возникнуть либо под влиянием местного произношения, либо как самостоятельное прозвище, не связанное с кукушкой напрямую. Точного ответа здесь нет, но орнитологическая версия остаётся основной — она проще и подкреплена географией.