Фамилия Калухин образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции указывал на принадлежность к отцу или предку: «чей?» — Калухин, то есть сын или потомок Калуха. Основа здесь — прозвище или неканоническое личное имя Калух. А вот с его происхождением есть несколько версий, и самая правдоподобная связана не с калугой (рыбой), а с диалектным словом «калуга» — топь, болото, трясина. Такое значение фиксируется в говорах северных и центральных областей России, особенно в костромских и вятских землях. Человек, живший у болотистой местности или получивший прозвище за вязкость, медлительность характера, мог стать Калухом.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского корня «калу» (оставаться, задерживаться). В южнорусских и казачьих регионах такое прозвище могло прижиться среди выходцев из татарских или ногайских родов, но без дополнительных исторических свидетельств эта гипотеза остаётся слабой. Фамилия Калухин встречается редко, и её география сосредоточена в основном в Костромской и соседних областях, что подтверждает диалектную версию.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я, -у, -о. Калух — это усечённая форма, возможно, от полного имени Калуга. В ономастических словарях фамилия не упоминается в числе распространённых, но её однокоренные «родственники» — Калугин, Калугинский — встречаются чаще и тоже указывают на связь с болотистой местностью. Таким образом, предки носителей фамилии Калухин, скорее всего, жили в лесной и болотистой полосе Русского Севера, а их прозвище отражало не профессию, а особенность ландшафта или поведения.