Фамилию Калафатова стоит разбирать, отталкиваясь от её основы. В русском языке слово «калафат» — это морской термин, обозначающий рабочего, который конопатит и смолит корпуса деревянных судов, то есть делает их водонепроницаемыми. Само слово заимствовано из итальянского или греческого (calafato, καλαφάτης) и пришло в русский язык вместе с кораблестроительной терминологией при Петре I. Таким образом, прозвище Калафат давали человеку по профессии — судостроителю или ремонтнику, занятому конопачением.

Фамилия образована по стандартной для восточнославянской модели: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, а затем типичное женское окончание -а. То есть Калафатова — это форма женского рода от фамилии Калафатов. Такая фамилия могла закрепиться за потомками мастера-калафата, работавшего на верфях, особенно на юге России — в Астрахани, Таганроге, Николаеве, а также в Санкт-Петербурге, где было сосредоточено кораблестроение.

Важная деталь: в отличие от многих «ремесленных» фамилий, Калафатов — относительно редкая. Связано это с узостью самой профессии: калафаты были нужны только в крупных портовых городах и на государственных верфях, а не в каждом селе, как кузнецы или плотники. Поэтому фамилия географически привязана к местам традиционного судостроения, и её носители — потомки не просто рабочих, а квалифицированных специалистов морского дела.

Иногда можно встретить версию о связи фамилии с греческим словом «калос» (красивый) или тюркским корнем, но она не выдерживает критики. Слово «калафат» в значении «конопатчик» зафиксировано в словарях русского языка с XVIII века, и именно оно даёт прямое, прозрачное и исторически обоснованное толкование. Все альтернативные гипотезы — результат народной этимологии, не подкреплённой документами.