Фамилия Калдыбеков образована от тюркского составного имени Калдыбек. Её основа — не просто два случайных корня, а характерная для казахской и других тюркских антропонимических традиций модель сложения имён-пожеланий.

Первая часть, «Калды», восходит к глаголу со значением «остался» или «уцелел». В традиционной культуре это имя-оберег: его давали мальчику, который выжил после тяжёлой болезни или родился в неблагополучный период. Считалось, что имя «Калды» закрепляет за ребёнком статус того, кто остался в живых вопреки обстоятельствам.

Вторая часть, «бек», — широко распространённый тюркский титул, означающий «господин», «повелитель», «князь». В составе личных имён он выполнял роль пожелания знатности, власти и материального достатка. Таким образом, имя Калдыбек совмещает два смысла: «оставшийся в живых господин» или «уцелевший правитель». Родители, нарекая сына Калдыбеком, желали ему не просто долгой жизни, но и высокого положения.

Суффикс -ов в фамилии — типичный русский патронимический формант, который добавлялся к тюркским именам при оформлении фамилий в XIX–XX веках, особенно в среде казахов и других народов, вошедших в состав Российской империи. Фамилия Калдыбеков буквально означает «потомок Калдыбека». Встречается она преимущественно в Казахстане и среди казахской диаспоры, что неудивительно: имя Калдыбек — одно из распространённых в казахском именослове, и фамилия от него не единична.

С точки зрения словообразования, Калдыбеков стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Калдыбаев, Калдыгулов, где первая часть «Калды» также указывает на обережное имя. В отличие от них, вторая часть «бек» подчёркивает аристократический оттенок пожелания.