Фамилия Калыбеков — пример тюркского антропонимического типа, сложившегося в среде казахов, киргизов и других народов Центральной Азии. Её основа — составное мужское имя Калыбек, где вторая часть «бек» (от тюркского «бег») означает «господин», «князь», «предводитель». Первая часть — «калы» — многозначна. Чаще всего её возводят к слову «кал» (оставайся, будь) или к «калын» (крепкий, могучий). В ономастике имя Калыбек интерпретируют как пожелание: «пусть будет беком» или «оставайся господином». Суффикс «-ов» — русское окончание, которое массово добавляли к фамилиям в XIX–XX веках при документальном оформлении, поэтому Калыбеков — это буквально «из рода Калыбека».

В отличие от русских фамилий, образованных от крестильных имён, здесь нет привязки к православным святцам. Фамилия указывает на родовую принадлежность к конкретному предку-основателю, носившему имя Калыбек. Такая модель (имя + суффикс -ов) характерна для русифицированных фамилий казахов и киргизов, особенно тех, чьи семьи попали под перепись и паспортизацию в Российской империи. Если бы фамилия осталась в тюркской среде без русификации, она звучала бы как Калыбеков или Калыбек уулу (у киргизов) / Калыбеккызы (у казахов).

Географически Калыбеков чаще встречается в Казахстане и Киргизии, реже — среди каракалпаков и узбеков. В России носители сосредоточены в регионах с компактным проживанием казахов (Астраханская, Оренбургская, Омская области). Социальное происхождение — в основном скотоводы, земледельцы, но имя «бек» в составе говорит о том, что предки могли принадлежать к привилегированному слою или хотя бы к зажиточным родам, где имя с титулом давали для подчёркивания статуса.

Спорных версий здесь немного: некоторые лингвисты пытаются связать «калы» с арабским «кали» (говорящий), но это натяжка — тюркская основа очевиднее. Ударение в фамилии — на последний слог: Калыбекóв. Фамилия не склоняется по падежам как прилагательное, но в бытовой речи допустимо склонение по мужскому роду (Калыбекова, Калыбекову).