Фамилия Калдыгужин — редкий пример тюркско-русского словообразования, где казахское прозвище «причесали» под русский суффикс -ин. Основа здесь — казахское слово «калды» (остался, остаток) в сочетании с «гуж» (сила, мощь). Буквально Калдыгужа — «оставшаяся сила» или «последняя мощь». Так могли прозвать ребенка, родившегося после нескольких неудачных беременностей (чтобы «остаток силы» помог выжить), либо человека, который в зрелом возрасте сохранял недюжинную крепость.

Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для образования от основ на -а/-я: как Кузьмин от Кузьма, так и Калдыгужин от Калдыгужа. Фамилия явно оформилась в среде, где казахские имена и прозвища русифицировались при записи в метрики или переписи — скорее всего, в Оренбургской губернии, Уральской области или среди казахов, перешедших в казачье сословие. В отличие от фамилий на -ов (от основ на согласный), -ин указывает, что исходное имя звучало как Калдыгужа, а не Калдыгуж.

Можно встретить и вариант Калдыгузов — с другим суффиксом, но Калдыгужин точнее сохраняет исходное звучание прозвища. Встречается фамилия и в форме Калдыгожин, где «гуж» заменено на «гож» под влиянием диалектного произношения. Все эти варианты — следы одного корня, разошедшиеся при записи в разных волостях.

Сословно носители фамилии — почти наверняка выходцы из казахской среды, получившие фамилию в XIX — начале XX века при русификации документов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что естественно для прозвищного происхождения из простонародья.