Фамилия Калебердин — редкий случай, когда основа явно не славянская, а тюркская, но оформлена по русской модели. В ней сочетаются два компонента: «кале» и «берди». Наиболее прозрачное объяснение — от тюркского имени Калиберды (варианты: Калибирде, Галиберды), где «кали» — форма имени Гали (от арабского «али» — высокий, возвышенный), а «берды» с тюркских языков переводится как «дал», «дарованный». Вместе имя означает «Богом данный» или «Всевышний даровал». Такие составные имена с корнем «берды» (берди) широко бытовали у татар, башкир, казахов и других тюркских народов.

Суффикс «-ин» указывает на типично русский способ образования фамилии от имени отца: Калеберда — Калебердин, то есть «сын Калеберды». В русской ономастике это патроним, который закрепился за потомками человека с таким именем, когда они перешли в русскоязычную среду. Модель «-ин» вместо тюркского «-ов» или «-ев» встречается реже, но встречается в фамилиях, образованных от основ на -а: Калеберда — Калебердин.

Географически фамилия привязана к регионам, где русское население долго контактировало с тюрками: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречается у оренбургских и уральских казаков, у крестьян из бывших Казанской и Уфимской губерний. В дореволюционных переписях Калебердины записаны в основном как государственные крестьяне, реже — как однодворцы. Сословно никакого дворянства за этой фамилией не числится.

Написание фамилии устойчиво: с буквой «е» в первом слоге, хотя в диалектном произношении могло звучать как «Калибердин». Ударение, скорее всего, на последний слог — Калеберди́н, что типично для фамилий с тюркской основой, адаптированных русским суффиксом. Вариант с «о» (Калобердин) маловероятен и не фиксируется.

Однокоренные фамилии — Калибердин, Бердин, Бердиев, Бердыев — все восходят к тому же корню «берди». Но Калебердин стоит особняком: в ней сохранилась полная форма имени, а не сокращение. Это позволяет примерно реконструировать исходное имя предка — Калиберды, что даёт фамилии историческую конкретность, а не просто общее указание на «дар Божий».