Фамилия Калёбина хранит память о прозвище или мирском имени предка — Калёба. Происхождение этого прозвища неоднозначно, и у исследователей есть несколько версий. Самая прямая связывает его с глаголом «колебать». По словарю В. И. Даля, «колебать» значит «качать, шатать, колыхать, волновать; клонить туда-сюда; раскачивать, покачивать», а также «смущать или тревожить кого-либо, заставляя быть шатким, нерешительным; поселять в ком сомненье, нерешимость». Отсюда Калёбой (или Колёбой, с учётом диалектного «аканья») могли назвать человека неуверенного, непостоянного, легко поддающегося чужому влиянию. В народной среде такое прозвище могло закрепиться и за тем, кто не имел постоянной работы — «колебался» между занятиями.

Вторая версия выводит основу из библейского имени Калеб (в русской традиции — Халев). В переводе с иврита оно означает «собака», но в контексте Ветхого Завета это имя носил один из верных сподвижников Моисея, и значение не несло отрицательного оттенка. Однако в крестьянской среде имя Калеб могло переосмыслиться и даваться как охранительное, оберегающее от злых сил. По модели «Калеб → Калеба → Калёба» оно превратилось в прозвище, а затем в фамилию с типичным русским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «сын Калёбы».

Суффикс -ин в фамилии Калёбин — один из самых распространённых в северных и центральных областях России. Он образует притяжательные фамилии от основ, оканчивающихся на -а или -я. Это же словообразовательное гнездо дало фамилии Калёбов, Калебин, Колёбин. Разница в написании (Калёбин через «ё» или Калебин через «е») — следствие диалектного произношения и поздней фиксации фамилии в документах. Вероятнее всего, фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были живы и заменяли официальные имена.