Фамилия Калмацуй — редкая и нестандартная для русского слуха, её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами фамилия румынского или молдавского корня. Её основа восходит к слову calm, что в переводе с румынского означает «тихий, спокойный». Вероятно, основателю рода дали прозвище по причине его личностных особенностей: он был замкнутым, спокойным человеком, не любившим многолюдное общество и предпочитавшим проводить время в одиночестве. Суффикс -уй в таком случае — это румынский уменьшительно-ласкательный или патронимический формант (ср. румынские фамилии на -oiu). То есть Калмацуй — это «маленький спокойный» или «сын спокойного».

Существует и альтернативная, менее вероятная гипотеза: связь с тюркским миром. Согласно этой версии, прозвище Калмацуй восходит к слову «калмак», которое в переводе с древнетюркского означает «сарай». Вероятно, основателю рода могли дать такое прозвище из-за места его обитания — возможно, он жил в сарае или работал там. Однако эта версия слабее: слово «калмак» в значении «сарай» не является широко распространённым и зафиксированным в тюркских языках, а формант -уй для тюркских фамилий нетипичен. Поэтому румынское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Калмацуй, скорее всего, привязана к исторической области Молдова (современные Молдавия и Румыния). В Россию и на Украину она могла попасть вместе с переселенцами из Бессарабии в XIX–XX веках. В русских документах фамилия сохранила своё оригинальное написание, не адаптировавшись под стандартные русские суффиксы (-ов, -ев), что лишний раз указывает на её иноязычное происхождение.