Фамилия Калпакян — армянская, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской модели образования родовых имён. Армянское слово «азганун» (фамилия) буквально означает «имя клана», но в древности, при изолированной жизни общин, в таких именах не было нужды — они закрепились официально позже.

Основа фамилии — прозвище Калпак. Оно восходит к древнетюркскому слову kalpak, то есть «высокая шапка» — головной убор конусообразной или округлой формы. Вероятнее всего, первый носитель прозвища Калпак занимался изготовлением или продажей таких шапок. Калпак у многих тюркских и кавказских народов был не просто одеждой, а священным предметом, символом связи с предками и судьбой народа. Это отразилось в пословицах: «Если ты потеряешь свой калпак, то потеряешь и голову», «Не продавай свой калпак, иначе продашь голову», «Ночью калпак всегда лежит у твоей головы, но никогда у ног».

Суффикс -ян (в диалектных вариантах -янц, -енц) — самый распространённый армянский патронимический формант, означающий «из семьи такого-то» или «из рода такого-то». То есть Калпакян — это «потомок Калпака». Фамилия могла возникнуть и в среде армян, живших в тюркоязычном окружении (например, в Западной Армении или на Кавказе), где слово «калпак» было заимствовано в быт.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в армянской среде встречаются варианты Калпакчян (с тюркским суффиксом профессии -чи, то есть «шапочник») — это более прозрачная версия для ремесленной этимологии. Калпакян же могла закрепиться за человеком, который просто носил характерный головной убор или происходил из рода, где ремесло было наследственным. В русской традиции аналогичной фамилией можно считать Колпаков — от того же тюркского заимствования «колпак».

Калпакян — фамилия, которая с высокой вероятностью указывает на ремесленное прошлое предков, но не исключено и прозвищное происхождение, связанное с внешним видом или обычаем. Точную дату возникновения назвать невозможно, но массово армянские фамилии с суффиксом -ян закрепились в XIX веке, после реформ Российской империи на Кавказе.