Фамилия Калышкина — женская форма мужской фамилии Калышкин, а та, в свою очередь, образована через суффикс -ин от прозвища или нецерковного имени Калышка. Основа здесь — «калыш», слово, которое в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, кем мог быть предок, нужно разобраться в этих смыслах.

Самое вероятное объяснение: «калыш» — это диалектное название рыбы, чаще всего мелкой или сорной, вроде ерша или пескаря. В таком случае Калышкой могли прозвать рыбака, или же человека маленького роста и невзрачной внешности, проводя аналогию с мелкой рыбёшкой. Эта версия подкрепляется тем, что подобные «рыбные» прозвища были широко распространены в северных и волжских говорах, где рыболовство играло важную роль.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, связывает «калыша» с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «калыш» означает «остаток», «излишек». Прозвище могли дать позднему, «лишнему» ребёнку в семье, либо же человеку, который постоянно оставался в долгу или «оставался» где-то надолго. Однако вероятность этого ниже: фамилия звучит по-русски и её суффикс -ин указывает на исконно русскую модель образования от прозвища на -а/-я.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин в фамилии Калышкин чётко указывает, что основа — это слово мужского рода, оканчивающееся на -а (Калышка). Если бы предка звали Калыш, то фамилия звучала бы как Калышев. Форма Калышкин встречается реже, что делает её более локальной и привязанной к конкретной местности, где бытовало именно уменьшительное прозвище с суффикса -к-.

Географически фамилия Калышкин и её женская форма Калышкина встречаются в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Новгородской и Вологодской губерниях. Там рыболовство и охота были основой хозяйства, и прозвища по рыбе — обычное дело. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, поскольку у дворянских родов редко встречались прозвища от названий мелкой рыбы.