Фамилия Калышкин принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Калышкин буквально означает «сын Калышки» или «человек из рода Калышки». Основа здесь — прозвище Калышка, а оно, скорее всего, связано с диалектным словом «калыш» или «калышка».

В русских говорах слово «калыш» имело несколько значений. В одних областях так называли небольшой мешок, кисет или кошель, в других — грубую, топорную работу или нечто сбитое, сколоченное. Есть и другая версия: в некоторых регионах «калышкой» могли прозвать человека с кривыми ногами или того, кто ходит вразвалку (от глагола «калышать» — ковылять, ходить переваливаясь). Менее вероятна связь с тюркским словом «калыш» (остаток, излишек) — такие заимствования встречаются, но для фамилии на -ин с русским суффиксальным оформлением это нетипично.

Словообразовательная модель проста: суффикс -к- в прозвище Калышка выполнял уменьшительную или уничижительную роль, а затем к нему добавился притяжательный суффикс -ин. Такой способ типичен для крестьянских и посадских фамилий XVII–XVIII веков, когда человека записывали по имени отца или прозвищу главы семьи. Фамилия Калышкин не относится к аристократическим — она бытовала в основном в среде крестьян, ремесленников и мелких служилых людей центральной России и Поволжья.

Стоит отметить, что фамилия редкая и не имеет широко известных дворянских ветвей. В дореволюционных источниках встречается в основном в Тверской, Костромской и Вятской губерниях — что косвенно подтверждает связь с северно-русскими говорами, где слово «калыш» было особенно употребительно. При переписях могли путать написание: Калышкин, Калишкин, Колешкин — из-за акающего произношения, но корень оставался тем же.

Таким образом, предки современных Калышкиных с высокой вероятностью получили фамилию от прозвища, которое описывало либо внешность (ковыляющая походка), либо род занятий (изготовление мешков или грубая работа), либо бытовую деталь (человек с кисетом). Точное значение утрачено, но общий вектор ясен: это фамилия-прозвище, закрепившаяся в русской деревне не позднее середины XVIII века.