Фамилия Калышенко звучит на украинский лад — её выдаёт суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках означал «сын» или «потомок» и закрепился в основном на Левобережной и Слободской Украине. По этой модели образованы тысячи фамилий, и Калышенко среди них — одна из тех, чья основа уводит нас не в крестильное имя, а в прозвище или мирское имя.

В основе лежит корень «калыш» или «калыша». Самое прямое объяснение — диалектное украинское «калиш», «калишитися» — то есть кривить, гнуть, делать не прямо. Человек с таким прозвищем мог хромать, ходить вразвалку или иметь какую-то особенность походки. Но есть и другая, менее очевидная версия: «калыш» в южнорусских говорах — это камыш, тростник. Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у зарослей камыша, или к тому, кто занимался заготовкой тростника.

Третья, более редкая гипотеза связывает фамилию с тюркским «калыш» — остаток, сдача. Это могло быть прозвище торговца или менялы, но для украинской антропонимии такой след маловероятен: фамилии на -енко от тюркских основ встречаются, но чаще через русское или украинское посредничество.

Встречаемость фамилии Калышенко невысокая. Основной ареал — восточные области Украины (Харьковщина, Полтавщина) и прилегающие регионы России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В ревизских сказках и метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII века, преимущественно в казачьих и крестьянских сословиях. Никакой дворянской ветви у Калышенко нет — это фамилия людей, чьи предки были либо реестровыми казаками, либо крепостными, получившими фамилию по уличному прозвищу.

Ударение в фамилии плавающее: в украинской традиции — Калишенко (на второй слог), в русской — Калыше́нко (на третий). Вариант с буквой «ы» вместо «и» — результат русской адаптации: в украинском языке корень звучит как «калиш», но в российских документах XIX века часто писали через «ы», чтобы передать твёрдое произношение.