Фамилия Калюпин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с едой, но не с той, что приходит на ум в первую очередь. Вопреки возможной ассоциации с «калиной» или «калёным», корень здесь — диалектное слово «калюпа». В русских говорах так называли нечто маленькое и невзрачное: мелкую рыбёшку, плохой улов, а в переносном смысле — щуплого, тщедушного человека. Исходное прозвище Калюпа мог получить либо рыбак, которому постоянно попадалась мелочь, либо просто невысокий и худощавый мужчина.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Калюпин буквально означает «сын Калюпы» или «человек из рода Калюпы». Фамилия закрепилась в тех регионах, где бытовало само слово «калюпа», — прежде всего в северных и центральных областях России, в зоне промыслового рыболовства на Волге и её притоках. Встречаются также варианты написания Калюпкин, образованные от той же основы с другим патронимическим суффиксом.

Стоит упомянуть и более редкую, альтернативную версию: в некоторых говорах «калюпой» называли неуклюжего, неповоротливого человека. Однако эта трактовка менее распространена, и основное значение — «мелкий, незначительный» — выглядит убедительнее, поскольку точнее соответствует типу прозвищ, даваемых по внешности или роду занятий.

В дореволюционных переписях эта фамилия встречается нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: Калюпины, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних волостей, и круг их возможных родственников ограничен.