Фамилия Калюпина — женская форма от Калюпин. В основе лежит прозвище Калюпа, и это как раз тот случай, когда внешняя необычность слова не говорит о его загадочности. Скорее всего, перед нами диалектный вариант хорошо известного слова «калека»: в южнорусских и украинских говорах форму «калюка» фиксируют словари со значением «хромой, увечный, страдалец». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Калюпин буквально означало «сын (или человек) Калюпы». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище главы семьи переходило в фамилию.

Есть и другая, менее вероятная версия — от тюркского имени или прозвища, которое звучало как «Калюп» (встречается у некоторых народов Поволжья). Но для русской фамилии это редкий след, и без документальных подтверждений в конкретном роду она остаётся гипотезой. Фонетически форма «Калюпа» могла возникнуть и как искажение имени Каллиопий (от греч. «прекрасноголосая»), но в бытовой среде такое имя было редкостью.

Географически фамилия Калюпины встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях — на территориях, где смешивались русские и украинские диалекты. Там слово «калюка» было в ходу. Предки современных Калюпиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище закрепилось за человеком с физическим недостатком — хромотой или слабостью ног. В те времена такие прозвища не считались оскорбительными, а служили простой бытовой приметой.

Сейчас фамилия редкая, и её носители могут с равной вероятностью происходить из нескольких неродственных родов, получивших одно и то же прозвище в разных местах.