Фамилия Канагатова — женская форма фамилии Канагатов, и её происхождение ведёт нас в тюркоязычный мир, скорее всего, в среду казахского или башкирского населения. Основа фамилии — имя или прозвище Канагат, которое в тюркских языках имеет прозрачную семантику. Слово «канағат» (произносится как «канагат») в переводе с казахского, киргизского и ряда других языков означает «довольство», «достаток», «умеренность», а также «благодарность» или «довольствие малым». Это не просто бытовое понятие, а важная этическая категория в исламской культуре, близкая к понятию «довольство судьбой» (риза). Соответственно, Канагатом могли назвать ребёнка с пожеланием ему быть довольным жизнью, благодарным и неприхотливым — имя-оберег от жадности и зависти.

Фамилия образована по типичной для тюркских народов модели: к личному имени Канагат добавляется русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Это произошло в XIX — начале XX века, при массовой фиксации фамилий у кочевого и полукочевого населения Российской империи. Так как фамилия оканчивается на -ат, а не на более распространённое -бай или -хан, она выделяется на слух и указывает на то, что предок носителя был назван не по социальному статусу или внешности, а по внутреннему качеству.

В отличие от многих фамилий, образованных от арабских имён с религиозной подоплёкой (например, от имени «Канагат» нередко образовывали и фамилию Канагатов), здесь мы имеем дело не с прямым заимствованием из Корана, а с бытовым философским понятием. Встречаются варианты написания с одной «н» — Кагатов, но это уже искажение, потерявшее корень. Носители фамилии Канагатова сегодня живут преимущественно в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Казахстане. Сословно предки могли быть как скотоводами, так и муллами или учителями при мечети, поскольку имя Канагат в дореволюционной записи иногда встречалось у людей грамотных, знающих арабскую письменность.