Фамилия Канаматова — женская форма фамилии Канаматов, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Канамат. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев, -ин обычно образовывались от отчества или прозвища отца, и данная фамилия не исключение. Основа «Канамат» — это не исконно славянское слово, а заимствование, скорее всего, тюркского или кавказского происхождения.

Чтобы понять корень, обратимся к возможным этимологическим версиям. Первая и наиболее вероятная: имя Канамат — это форма арабского имени Мухаммад, адаптированная в тюркских языках. В ряде тюркских диалектов (особенно у ногайцев, кумыков, карачаевцев) имя Мухаммад могло звучать как Мамат, а с добавлением префикса «кан» (кровь, род, а также почтительное обращение) получалось Канамат — «кровь Мамата» или, в переносном смысле, «истинный, чистый Мамат». Вторая версия связывает фамилию с кавказскими языками, где «кан» (хан) — титул правителя, а «амат» может восходить к арабскому «амад» (опора, столп). Тогда Канамат — «ханская опора», прозвище для приближённого или сильного человека.

Географически фамилия Канаматова наиболее распространена на Северном Кавказе и в Поволжье — в Дагестане, Чечне, Кабардино-Балкарии, а также среди татар и башкир. Встречается она и у туркмен, что подтверждает её тюркскую основу. В русских документах XVII–XIX веков фамилия могла фиксироваться у служилых людей или крестьян, принявших православие, но чаще она оставалась в мусульманской среде, где отчества не были обязательны, а фамилии давались по имени деда.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Канаматов), а окончание -а — на женский род. В отличие от фамилий на -ин, которые в русском языке образуются от основ на -а/-я (Иванов — от Иван, но Ильин — от Илья), здесь основа твёрдая, что типично для заимствованных имён. Если бы фамилия была образована от имени Канамат в русской среде, она могла бы звучать как Канаматов, но носители сами сохранили исходное ударение на последнем слоге, что выдает нерусское происхождение.

Спорных версий немного: некоторые пытаются связать корень с калмыцким «кан» (огонь) или монгольским «ханамат» (покровитель), но эти гипотезы слабые, так как фамилия почти не встречается у монголоязычных народов. Более правдоподобной остаётся тюркская версия с арабским влиянием. В любом случае, предки носителей фамилии Канаматова, скорее всего, были людьми, получившими имя или прозвище Канамат — либо как почётный титул, либо как адаптированное мусульманское имя.