Фамилия Канаметов — это не просто вариация написания, а прямой фонетический «слепок» карачаевской фамилии Канаматов (в исконном звучании — Къанаматлары). Мягкое «е» вместо твёрдого «а» во втором слоге — типичное явление для устной речи, которое закрепилось в документах, когда фамилию записывали на слух. Поэтому, разбирая её происхождение, мы говорим об одном роде с двумя вариантами написания.

В основе лежит личное имя Канамат (или Ханамат). Его корни — арабские: «хан» означает «повелитель, монарх», а «хамат» переводится как «достойный похвалы». Составное имя должно было принести мальчику и уважение окружающих, и высокое положение. Однако история рода, которую передавали из уст в уста, сложилась драматичнее, чем простое пожелание.

Свой отсчёт Канаматовы ведут из Верхнего Учкулана (Огъары Учкулан) и являются ответвлением старинного рода Мамчуевых. По социальному статусу Мамчуевы были узденями — это привилегированное сословие, свободные люди, владевшие землёй. Примерно в 1800–1820 годах в одной из семей Мамчуевых родился сын, которого назвали Канамат. Когда он вырос, то женился на девушке из низшего сословия — поступок, который для узденя считался нарушением родовых устоев. За это Канамата изгнали из семьи, лишив надела, дома и средств. Он ушёл с женой в Балкарию, но через некоторое время попытался вернуться в Карачай, надеясь на прощение. Род не принял его обратно. Поняв безвыходность положения, Канамат сделал своё имя фамилией — так он основал новую ветвь, отделившись от Мамчуевых.

Род исчисляется тринадцатью поколениями. Особый след оставил Идрис Канаматов, проживший 125 лет и умерший в начале XX века в ауле Верхняя Мара. Именно он сохранил и передал потомкам историю изгнания и скитаний Канамата. Сведения о представителях фамилии встречаются в архивных документах Карачаево-Черкесской Республики: там записаны Канаматов Адиль Дотташевич (1875 года рождения, аул Верхняя Маара) и Канаматов Зулкарнай Идрисович (1882 года рождения).