Фамилия Кананухина — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Вопреки интуиции, её корень — не «канава» и не «канал». Словообразовательная модель указывает на суффикс -ух-, характерный для прозвищ и имён в северных и центральных русских говорах. Основа «Канан» — это, скорее всего, народная форма канонического имени Конон (от греческого «конос» — труд, или, по другой версии, «конейон» — веретено). В русском быту имя Конон часто переделывали в Канон, а затем — в Канан: так появлялись фамилии Кананов, Кананин, Кананухин.

Суффикс -ух- в фамилиях (сравните: Смагухин, Баранухин, Козлухин) обычно прикреплялся к прозвищу или имени, чтобы подчеркнуть какую-то черту человека — часто не без доли иронии или ласки. Канануха — так в деревне могли назвать человека по имени Канан, то есть Конона. Фамилия Кананухина — женская форма от Кананухин, и её носительницы — потомки того самого Кананухи, жившего, вероятнее всего, в землях бывшего Новгородского севера или Вологодчины, где такие модели прозвищ были особенно живучи.

Интересно, что фамилия практически не встречается за пределами России и не имеет аналогов в украинской или белорусской ономастике — это чисто русский, диалектный вариант. Если сравнивать с однокоренными, то Кананухин стоит в одном ряду с Канаевым и Канаковым, но отличается редким суффиксом, который сразу выдает «деревенское» происхождение предка: его не записывали по отцу (как Иванов или Петров), а называли по уличному прозвищу, закрепившемуся в семье.