Фамилия Конанухин — один из тех редких случаев, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее лингвистического разбора. Если вы встретили эту фамилию, с высокой вероятностью её носители родом с Русского Севера, прежде всего из Архангельской области или Поморья. В этом регионе широко бытовал суффикс -ухин, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвищное происхождение с оттенком просторечия или уменьшительности.

Основа фамилии — мужское имя Конан. Это народная, обиходная форма канонического крестильного имени Конон (от греческого «конос» — трудящийся, работящий). В русской традиции имя Конон не было редким, но в быту его часто «обкатывали» до Конана (сравните: Иван — Иван, но в диалектах могло звучать как Иванко, Иванша). Таким образом, Конанухин буквально означает «чей-то сын» или «чей-то человек» — а именно сын Конана, то есть Конона.

Модель образования проста и прозрачна: к основе Конан- добавился сначала суффикс -ух(а) (Конануха — так могли в быту называть самого Конана или его жену), а затем фамильный суффикс -ин. Схема «имя + уха → ухин» характерна для северных и северо-западных говоров: вспомните фамилии Терюхин, Пантюхин, Ванюхин. Суффикс -ух(а) придавал имени фамильярный или даже шутливый оттенок, но в фамилиях он закрепился как нейтральный.

Никакой связи с героем-варваром из популярной культуры у фамилии нет — это чистое совпадение звучания. В исторических документах фамилия встречается в метрических книгах Архангельской губернии, особенно в Холмогорском и Шенкурском уездах. В центральных областях России она практически не фиксируется, что делает её хорошим маркером северного происхождения рода.

Других версий, заслуживающих внимания, у этой фамилии нет. Спорным могло бы быть толкование от прозвища «Конан» в значении «упрямый» или «крепкий», но это скорее домысел, не подтверждённый словарями русских прозвищ. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе образованных от уменьшительных форм крестильных имён с помощью суффикса -ухин, и Конанухин — типичный представитель этой группы.