Фамилия Конан — редкий случай, когда основа не обросла типичными русскими суффиксами -ов, -ин или -ский. Она застыла в своей исходной форме, что сразу указывает на её нерусское происхождение. В русском языке такие «голые» фамилии чаще всего имеют западноевропейские или тюркские корни.

Самая очевидная версия — прозвище от имени Конан, которое бытует у нескольких народов. В Ирландии и Шотландии Conan — уменьшительная форма от древнекельтского «cú» (пёс, волк), то есть «маленький волк» или «волчонок». У французов это имя-прозвище могло означать «задира» или «спорщик». В бретонском языке «konan» — это «топь», «болото», и фамилия могла закрепиться за человеком, жившим у болотистой местности.

Однако есть и другая, менее экзотическая версия, которая связывает фамилию с тюркскими языками. В татарском и башкирском слово «кунан» (күнән) означает «плеть», «нагайка» или «кнут». Прозвище Конан (Кунан) могли дать пастуху, объездчику лошадей или человеку с крутым нравом. В пользу этой версии говорит то, что в Поволжье и Приуралье встречаются татарские фамилии Кунанов, Кунанбаев, а форма Конан могла возникнуть в результате обрусения, когда конечный звук «н» стал твёрдым.

География фамилии в России размыта, но чаще всего Конаны встречаются в Москве, Санкт-Петербурге и Краснодарском крае — вероятно, это следствие миграций XX века. В любом случае, носитель фамилии Конан может оказаться потомком либо выходца из Западной Европы, либо крещёного татарина или башкира, чьё прозвище не получило русского суффикса и сохранилось в первозданном виде.