Фамилия Конаныхин образована от просторечной формы «Конаныха», которая, в свою очередь, восходит к христианскому имени Конон. В переводе с греческого языка это имя означает «трудящийся» или «трудолюбивый». В православной традиции известно несколько святых покровителей этого имени: преподобный Конон, игумен Пентукла (память 4 марта), мученик Конон Исаврийский (18 марта), преподобномученик Конон (19 марта) и мученик Конон Римлянин (18 июня).

Конаныха — это не просто уменьшительная форма, а характерный для северных и центральных русских говоров способ образования прозвища или обиходного имени. Суффикс «-ыха» (как в фамилиях Гладышев, Бобылёв, Писарев) указывал на принадлежность к роду: «Конаныха» буквально означала «жена или вдова Конона», а затем и «человек из семьи Конона». Со временем это прозвище закрепилось за потомками и превратилось в фамилию Конаныхин — то есть «сын Конаныхи».

Таким образом, в основе фамилии лежит не просто имя, а целая микроистория: сначала был Конон, потом его домохозяйку или вдову прозвали Конаныхой, а уже их дети стали Конаныхиными. Эта модель встречается реже, чем обычные отчества на «-ов» или «-ин» от прямых форм имени, поэтому фамилия Конаныхин сохраняет отпечаток бытового уклада и говоров, где женщину называли по мужу через такой суффикс.