Фамилия Кананыкина образована от прозвища Кананык, в основе которого лежит тюркское (возможно, турецкое) словосочетание. Первая часть — «kan», что означает «кровь», вторая — «anik» или «анык» — «готовый к чему-либо». Таким образом, прозвище могло означать «готовый пролить кровь» или «кровожадный» — не в бытовом смысле, а как характеристика воина, не знающего страха в бою. Видимо, предок, получивший такое прозвище, был храбрым и отчаянным человеком, возможно, состоял на военной службе.

Фамилия относится к древнейшему пласту русских фамилий восточного происхождения, которые появлялись на Руси вместе с выходцами из Золотой Орды и более поздних тюркских государств. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, здесь использован суффикс -ын, который в данном случае выполняет ту же функцию притяжательности: Кананыкин — «сын Кананыка» или «из семьи Кананыка». Со временем суффикс адаптировался под русскую грамматику, и женская форма фамилии стала звучать как Кананыкина.

Интересно, что прозвище Кананык не получило широкого распространения в тюркских языках как имя или прозвище — оно скорее единичное, что делает эту фамилию редкой. Встречается она в основном в центральных и южных регионах России, где исторически был силён тюркский субстрат, а также в среде казачества, где воинские прозвища ценились и закреплялись за родом.