Фамилия Канапелькин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не имеет прямого отношения к мебели (канапе — диван). В русских фамилиях заимствованное слово «канапе» в значении «диван» почти не встречается в прозвищах, а если и встречается, то в дворянской среде, где фамилии оформлялись бы иначе (Канапе, Канапьев). Гораздо правдоподобнее версия, что перед нами вариант фамилии Канапельников, образованной от названия профессии или мелкого ремесла.

В основе лежит слово «канапель» или «канапёль» — диалектное искажение слова «конопля». В южнорусских и украинских говорах «канапля» (конопля) дало множество производных. Человека, который занимался выращиванием, обработкой или продажей конопли (из неё делали масло, верёвки, паклю), могли прозвать Канапельником. Фамилия Канапелькин образовалась по продуктивной модели: к основе «Канапельк(а)» (уменьшительное от Канапель) добавили суффикс принадлежности -ин. То есть Канапелькин — буквально «сын Канапельки», а Канапелька — либо ласкательное прозвище крестьянина, либо сын того самого Канапеля.

Суффикс -кин указывает на исконно русскую, а не украинскую или белорусскую природу фамилии. Такие фамилии на -ин (-кин) типичны для северных и центральных областей России, где форма притяжательного прилагательного от слов на -а/-я была нормой. Если бы фамилия закрепилась на Украине, она звучала бы как Канапельченко или Канапельчук.

Есть и менее вероятная версия: связь с еврейским именем Канапель (вариант имени Хананэль — «Бог смилостивился»). Но в таком случае фамилия скорее имела бы окончание -ский или -ович, а -кин для ашкеназских фамилий нетипичен. Поэтому основной остаётся «конопляная» версия: предок носителя фамилии был либо крестьянином, сеявшим коноплю, либо торговцем пенькой и конопляным маслом. Фамилия очень редкая, в дореволюционных справочниках почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, в крестьянской или мещанской среде.