Фамилия Капелькин — одна из тех, что построена по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени через суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин, а не -ов, указывает, что основой послужило слово женского или мужского рода, оканчивающееся на -а/-я. В данном случае основа — прозвище Капелька.

Что могло значить это прозвище? Тут есть несколько версий, и все они по-своему логичны. Самая прямая: Капелька — человек маленького роста или младший ребёнок в семье, «капля» в роду. Слово «капелька» в народной речи издавна означало «крошка, малость», и такое прозвище легко могло закрепиться за невысоким или самым младшим.

Вторая версия — профессиональная. Капелькой могли прозвать человека, чья работа была связана с жидкостями: водовоза, бочара, винодела, аптекаря, который отмерял лекарства каплями. Прямых документальных подтверждений этому нет, но для фамилий, образованных от прозвищ по роду занятий, такой ход типичен.

Третья версия связана с календарём и временем года. Капель — это весенняя пора, когда тает снег. По народному календарю 28 февраля (по старому стилю) отмечали день Василия Капельника — с этого дня ждали капели с крыш. Ребёнка, родившегося в этот день или просто весной, могли ласково назвать Капелькой. Такая практика давать имена по святцам или природным явлениям хорошо известна в крестьянской среде.

Какая из версий вернее? Скорее всего, прозвище было многослойным. В быту оно могло одновременно относиться и к маленькому росту, и к возрасту, и к обстоятельствам рождения. Фамилия Капелькин — не единичный случай: в русских говорах известны однокоренные фамилии Капелька, Капелин, Капелюшин.

По сохранившимся записям, фамилия встречалась в разных губерниях. В Книге памяти Алтайского края упомянут Николай Федорович Капелькин, 1888 года рождения, родом из Казанской губернии. В Книге памяти Московской области — Сергей Игнатович Капелькин, 1912 года, из села Архангельское. Эти записи показывают, что фамилия была распространена и в центральной России, и в Поволжье, откуда люди переселялись в Сибирь.