Фамилия Канапухин — редкий случай, когда основа ясна, а вот её происхождение вызывает споры. В ней безошибочно угадывается прозвище Канапуха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Канапухи». Вопрос в том, что означало это прозвище.

Самая прямая версия — от диалектного слова «канапуха» или «конопуха». В южнорусских и украинских говорах так называли коноплю. Слово это родственно «конопля», но с характерным чередованием: «конопля» — «канапля» — «канапуха». Прозвище могли дать крестьянину, который выращивал коноплю, торговал ею или просто был высоким и тощим, как стебель. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии с корнем «конопл-» (Коноплёв, Коноплин) весьма распространены, а Канапухин — их редкий фонетический вариант.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с украинским глаголом «канапкати» (копаться, возиться). В таком случае Канапухой могли прозвать медлительного или кропотливого человека. Однако эта гипотеза слабее: у неё нет такого плотного ряда родственных фамилий, как у «конопляной».

География фамилии подтверждает «южный» след. Канапухины встречаются в Воронежской, Ростовской областях, на Кубани и в восточной Украине — как раз в зоне, где говор «канать» вместо «конопля» был нормой. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни носители настаивают на «Кана́пухин», другие — на «Канапу́хин». Первый вариант ближе к исходному слову «кана́пля», второй — к диалектному «канапу́ха».

Таким образом, предок современных Канапухиных с высокой вероятностью был связан с коноплей — выращивал её, обрабатывал или торговал. Фамилия сохранила не только профессию, но и местный говор, превратив «коноплю» в «канапуху».