Фамилия Кандыбир звучит необычно для русского уха, и это неудивительно: её корни лежат в тюркских языках. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ с помощью суффиксов -ов/-ев, эта фамилия сохранила исходную форму практически без изменений. Основа «канды» в тюркских наречиях может означать «где» или быть частью сложного слова, а «бир» — «один» или «дай». Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с прозвищем Кандыбир, которое могло возникнуть из двух слов: «кан» (кровь) и «бир» (дай) — то есть «кровь дай» или «кровопийца». В прошлом такое прозвище могли дать жестокому, суровому человеку или, напротив, воину, отличавшемуся в бою.

Вторая гипотеза отталкивается от географического названия. В тюркской топонимике встречаются селения с корнем «канды» (например, Кандыагаш), что переводится как «кровавый» или «кровавая река». Если предок носителя фамилии происходил из местности с похожим названием (скажем, Канды или Кандыбир), то фамилия могла закрепиться как указание на родину. Однако эта версия менее вероятна, так как в русской традиции фамилии от названий местностей обычно оформлялись суффиксами -ский/-ской, чего в «Кандыбир» нет.

Суффикса в привычном понимании здесь нет: окончание -ир не является русским фамильным формантом. Это указывает на то, что фамилия либо была русифицирована путём отбрасывания тюркского аффикса, либо пришла в русский язык в уже готовом виде. Встречается она преимущественно на юге России, в Поволжье и в Сибири — в регионах, где исторически было сильное татарское, башкирское или казахское влияние. Носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, получившими прозвище за характер или род занятий. Из-за редкости фамилии её точное происхождение остаётся предметом споров, но тюркский след — самый надёжный ориентир.