Фамилия Канифатовы образована от тюркского мужского имени Канифат. В переводе с азербайджанского оно означает «удовольствие» или «наслаждение». Нарекая сына таким именем, родители желали ему счастливой и обеспеченной жизни.

По своему типу фамилия относится к древним восточным фамилиям, которые пришли в русскую среду вместе с выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Корни этой фамилии уходят в XV–XVII века. В те времена многие нерусские дворяне входили в состав российского дворянства, что и способствовало проникновению инонациональных основ в русские фамилии.

Однако стоит сделать важную оговорку. Утверждения о точном восточном происхождении фамилии Канифатовы и её связи с конкретным историческим лицом из Орды часто не подтверждаются документальными родословными. Сведения такого рода могут быть реконструкцией, а не строгим фактом. Окончательно говорить о месте и времени возникновения рода можно только на основе генеалогических исследований.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Канифат добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Таким образом, Канифатов — это потомок человека по имени Канифат. Фамилия закрепилась в русском ономастиконе как памятник восточной письменности и культуры, но её бытование в основном связано с южными регионами России и Поволжьем, где исторически было сильнее тюркское влияние.