Фамилия Канифатов происходит от восточного мужского имени Канифат. В переводе с азербайджанского языка оно означает «удовольствие» или «наслаждение». Имя это относится к группе пожелательных: нарекая сына Канифатом, родители желали ему счастливой и обеспеченной жизни. Русская фамилия образовалась по стандартной модели: к основе прибавили патронимический суффикс -ов, что буквально значит «сын Канифата». Такой способ типичен для фамилий, которые формировались в XVI—XIX веках у крестьян и мещан при переписях населения.

Словообразовательная модель прозрачная: суффикс -ов указывает на принадлежность, а основа — личное имя без изменений. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или названий ремесел, Канифатов прямо отсылает к имени предка-мусульманина. Это говорит о том, что носитель фамилии мог быть выходцем из татарской, башкирской или азербайджанской среды, принявшим православие. В среде русских крестьян такие фамилии нередко закреплялись за бывшими служилыми татарами или выходцами из Казанского ханства.

Известных носителей фамилии в открытых источниках немного, что делает её относительно редкой. Географически Канифатовы встречаются в Поволжье и Приуралье, что косвенно подтверждает тюркские корни. Окончательно определить точное место и время возникновения рода можно только через генеалогические изыскания — например, по ревизским сказкам или метрическим книгам XIX века.