Фамилия Канифова — редкий случай, когда основа, скорее всего, прозрачна, но её значение неочевидно. В центре фамилии лежит слово «канифоль» — смолистое вещество, которое получают из живицы хвойных деревьев и используют для натирания смычков музыкальных инструментов, для пайки и в производстве лаков. Однако напрямую называть человека канифолью вряд ли стали бы. Вероятнее, что прозвище Канифоль или Канифа получил либо музыкант (скрипач, виолончелист), чья профессия была неразрывно связана с этим веществом, либо ремесленник — например, мастер по изготовлению или продаже канифоли, либо паяльщик, использовавший её как флюс.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов: от прозвища Каниф (или Канифа) через притяжательное прилагательное «Канифов сын» — то есть потомок человека с таким прозвищем. Окончание -а указывает на женскую форму фамилии, которая в русской традиции закрепилась за женщинами.

Слово «канифоль» пришло в русский язык из немецкого (Kolophonium) или латыни (colophonia), а в народной речи могло упроститься до «канифа». В некоторых говорах «канифолить» означало «тереть смычок» или, в переносном смысле, «надоедать, приставать» — отсюда могло возникнуть ироничное прозвище для назойливого человека. Но более основательной выглядит версия о профессиональном прозвище: в среде ремесленников и музыкантов такие «инструментальные» фамилии встречались нечасто, что делает Канифову заметной среди других.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где были развиты смолокуренные промыслы и музыкальные традиции. Встречается она редко, поэтому носители могут быть потомками выходцев из одной небольшой местности или даже одной семьи прозвищного происхождения.