Фамилия Канифатьева — один из тех редких случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается совсем не русская основа. Если отбросить суффикс -ев (вариант суффикса -ов после мягкого согласного), то корень упирается в имя или прозвище Канифат. И вот тут начинается самое интересное: это имя, скорее всего, восходит к арабскому «канифат» — «сокровищница», «казна». В персидском и тюркских языках слово «канифа» означало «клад», «богатство». Так что первый носитель прозвища Канифат мог быть казначеем, богатым купцом или человеком, которому приписывали обладание сокровищами.

В русской ономастике фамилия с таким корнем — большая редкость. Она стоит в одном ряду с фамилиями вроде Канифов, Канифатов, но встречается гораздо реже. Важно не путать её с фамилией Канифатов — там суффикс -ов, а здесь -ев, что указывает на мягкий вариант основы (Канифать). Возможно, в диалектном произношении имя Канифат звучало как Канифать, или же это была уменьшительная форма.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и южным регионам России, где исторически были сильны тюркские и арабо-персидские влияния. Встречается она и у русских, и у татар, и у мордвы — это типичный пример фамилии, которая возникла на стыке культур. Сословно носители могли быть как крестьянами, так и купцами или духовными лицами — прозвище Канифат не привязывало к определённому социальному слою.

Двойное «ф» в написании — орфографическая норма, закрепившаяся в XIX веке при записи фамилий в метрических книгах. В старых документах можно встретить вариант Канифатева (с одним «ф»), но современное ударение почти всегда падает на третий слог: Канифа́тьева.