Фамилия Канонистов — наглядный пример того, как церковная лексика проникла в русские мирские прозвища и закрепилась в качестве фамилии. Её основа — слово «канон» (от греч. κανών — правило, норма, устав). В православной традиции каноном называют и церковное песнопение, и свод правил, и список святых. Но в быту XVI–XVII веков «канонистом» называли не просто грамотея, а конкретного человека: певчего, знатока богослужебного устава или того, кто следил за правильностью церковного пения. В некоторых говорах слово могло относиться к причетнику или дьячку, обязанному читать каноны на службе.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: «Канонистов» буквально значит «сын Канониста» или «из семьи Канониста». Фамилия образована не от имени, а от профессионального прозвища отца. В ономастике это редкий случай, когда в основе лежит не ремесло (кузнец, плотник), а узкая церковно-певческая специальность. Сравните с фамилиями Псаломщиков, Тропарев, Ирмолоев — они той же природы, но Канонистов встречается заметно реже.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, особенно к Вологодчине и Костромской области, где в XVIII–XIX веках было сильно церковное образование и существовали целые династии причетников. В южных регионах и у казачества она почти не фиксируется. Важная деталь: в старых документах встречается вариант написания «Канонистовъ» с твёрдым знаком на конце, но в устной речи ударение всегда падало на второй слог — Кано́нистов. Ошибка «Канони́стов» (с ударением на третий слог) возникает под влиянием общего правила для фамилий на -ов, но исторически верно именно первое ударение.

Сословно фамилия почти наверняка принадлежала потомственным церковнослужителям или детям священников, получившим фамилию по семинарскому прозвищу. В среде духовенства такие «говорящие» фамилии были нормой: их давали за способности к пению или за знание устава. В отличие от дворянских или купеческих фамилий, Канонистов никогда не была массовой — она оставалась маркером узкой профессиональной группы.