Фамилия Кононистов — одна из тех, что сразу указывает на род занятий предка. Её основа — не имя, а прозвище или профессиональное звание «кононист». В русском языке так называли пушкаря, артиллериста, человека, обслуживающего пушку (от слова «конон» — старинное название пушки, заимствованное через польское или немецкое посредничество). Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был военным, канониром или мастером пушечного дела.

Суффикс -ов в фамилии Кононистов нестандартен. Обычная модель от прозвища на -ист давала бы форму Кононистов с суффиксом -ов, но здесь он стоит после -ист, что встречается реже. Фактически, фамилия образована от прозвища Кононист (тот, кто при пушке) с помощью патронимического суффикса -ов, означающего «сын Конониста». Такая словообразовательная цепочка — от профессии к прозвищу, а затем к фамилии — характерна для поздних фамилий, которые закрепились в XVIII–XIX веках, когда военная служба стала массовой и давала устойчивые прозвища.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где артиллерийское дело было особенно развито в казачьих войсках. В Запорожской Сечи и на Дону пушкари составляли отдельную категорию служилых людей, и их прозвища легко переходили в фамилии. Встречается также вариант Кононистов, что может указывать на украинское произношение с ударением на последний слог.

Редкость и специфичность фамилии говорит о том, что она не была массовой — её носители, вероятно, происходили из узкого круга артиллерийских специалистов или их потомков. В отличие от распространённых Пушкарёвых или Канонировых, форма Кононистов сохранила более точное звучание исходного прозвища, что делает её ценной для историков военного дела. Других версий происхождения, кроме профессиональной, нет — ни от личного имени, ни от географического названия эта фамилия не образована.