Фамилия Колонистова происходит от прозвища Колонист. В русском языке XVII–XIX веков «колонистом» называли не колонизатора-завоевателя, а переселенца, часто из другой страны, который оседал на новых землях по государственному призыву или добровольно. Словообразовательная модель проста: к основе Колонист- добавился патронимический суффикс -ов, а окончание -а указывает на женскую форму фамилии, которая закрепилась в обиходе. Мужской вариант — Колонистов.

Основная версия связывает фамилию с освоением юга Сибири, Урала и Дальнего Востока. В XVI–XVII веках в эти края снаряжались экспедиции, участники которых основывали города и остроги. До прихода русских здесь кочевали империи — Тюркский каганат, позже Монгольская империя, а южнее Байкала распространялся ламаистский буддизм. Первопоселенцы были людьми разного происхождения: вольные казаки, ссыльные, крестьяне, искавшие земли. Кого-то из них, вероятно, прозвали Колонистом — либо за то, что он прибыл издалека, либо за непривычный говор или обычаи. Потомок этого человека и получил со временем фамилию Колонистов.

Есть и другая, более прозаичная версия. Колонистами на Руси нередко называли крепостных крестьян или батраков, которых помещик переводил на новые, необжитые участки — «колонии». При регистрации такого работника в документах могли записать по его социальному статусу: Колонистов. В этом случае фамилия указывает не на происхождение предка, а на его подневольное положение в момент закрепления.

В любом случае, фамилия редкая и несёт в себе отпечаток конкретной исторической ситуации — миграции, освоения территорий или переселения по воле владельца. У неё нет связи с западноевропейскими колониальными империями: в русском контексте слово «колонист» означало прежде всего «поселенец».