Контонистова — фамилия, которая почти наверняка указывает на предка-кантониста. Чтобы понять её корень, достаточно отбросить суффикс -ов, после чего остаётся основа «Контонист». Это искажённое в бытовой речи слово «кантонист».

Кантонистами в России XIX века называли солдатских сыновей, которые с рождения числились за военным ведомством и с малых лет проходили подготовку к службе. Система кантонистов была отменена в 1856 году, но за десятилетия своего существования она оставила заметный след в демографии. Фамилии, образованные от этого слова, как правило, давали либо самому кантонисту, либо его семье — для идентификации в военной среде или при переходе в гражданское сословие.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель «чей?»: Контонистов — сын или потомок Контониста. Вариант с окончанием -а (Контонистова) — женская форма фамилии, но исторически закрепилась она за одной линией рода. Маловероятно, что фамилия произошла от имени или прозвища Контон — такого имени в русском именослове нет, а слово «кантон» (округ) не дало бы суффикса -ист.

Носители фамилии Контонистовы исторически концентрировались в тех губерниях, где были расквартированы военные поселения или кантонистские школы: Новгородской, Витебской, Могилёвской, а также в южных областях (Херсонская, Екатеринославская губернии). Встречается фамилия и у потомков солдат, выслуживших дворянство, но чаще всего её носили выходцы из податных сословий — мещане и государственные крестьяне.

С точки зрения словообразования фамилия редкая: суффикс -ист в русских фамилиях встречается нечасто (сравните: Трубачистов, Барабанистов). Это подчёркивает её искусственное, «казённое» происхождение — она не от прозвища, а от профессионально-сословного термина.