Фамилия Кононистова — женская форма фамилии Кононистов, и её происхождение напрямую связано с редко встречающейся словообразовательной моделью. В русской ономастике суффикс -ист- нехарактерен для фамилий: обычно мы видим -ов, -ин, -ский. Здесь же основа явно указывает на принадлежность к определённому роду занятий или прозвищу, образованному от имени Конон.

Имя Конон — древнегреческого происхождения, в переводе означающее «трудящийся» или «победитель». В православных святцах оно известно, но широкого распространения в народе не получило. От него образовали прозвище Кононист — так могли назвать человека, который либо носил имя Конон, но с пренебрежительным или уменьшительным оттенком (сравните: студент, тракторист — суффикс -ист часто указывает на деятеля), либо, что более вероятно, служил в церкви при храме, посвящённом святому Конону. В некоторых говорах «кононистом» могли называть причетника или псаломщика, который помогал при богослужении.

Ключевая особенность этой фамилии — её редкость. Если бы основой было просто имя Конон, мы бы получили массовые фамилии Кононов или Кононин. Выбор суффикса -истов говорит о том, что прозвище закрепилось за конкретным человеком, вероятно, в среде духовенства или в крестьянской среде, где церковные должности чётко фиксировались в документах. В метрических книгах XIX века фамилия Кононистов встречается преимущественно в центральных губерниях России, особенно в Рязанской и Тамбовской, где были сильны традиции церковно-приходской жизни.

Таким образом, предок современных Кононистовых — это не просто человек по имени Конон, а, скорее всего, церковнослужитель, выполнявший обязанности при храме, названном в честь святого Конона. Фамилия сохранила не только имя, но и социальный статус своего первого носителя, что делает её своеобразным документом эпохи.