Фамилия Контонистов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с личным именем, а с учебным заведением. Корень здесь — «контон», искажённое или диалектное произношение слова «конвент» (лат. conventus — «собрание, монашеская община»). В дореволюционной России «конвиктами» или «конвентами» называли закрытые учебные заведения — чаще всего духовные семинарии и пансионы при них. Воспитанника такого заведения в народе и в самом училище могли прозвать Контон (или Конвент), а его сын получал фамилию Контонистов.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую патронимическую модель — «сын Контониста». Но сама основа необычна: она образована не от имени или профессии, а от названия учреждения, что сближает фамилию с семинарскими прозвищами вроде Академиков, Лицеистов или Семинаровских. В духовной среде такие фамилии давали не столько для идентификации, сколько для шутливого или бытового указания на место учёбы отца. Впрочем, нельзя исключать, что прозвище Контон мог получить и человек, работавший при конвенте — сторож, служитель, повар.

География фамилии узкая. Контонистовы встречаются в основном в центральных и южных губерниях России, где были сильны духовные школы — в Тульской, Рязанской, Калужской областях. В некоторых переписях XIX века фамилия записывалась как Конвентистов, что подтверждает её связь с латинским корнем. Встречается и вариант Контонов — более короткий и русифицированный, но Контонистов сохранил книжный, почти канцелярский оттенок.

О сословной принадлежности носителей говорить сложно: фамилия могла быть как у потомков семинаристов (а значит, выходцев из духовенства), так и у крестьян, чьи предки получили прозвище за службу при училище. Единственное, что можно сказать с уверенностью: происхождение фамилии — не от имени и не от ремесла, а от институции, что делает её ономастическим курьёзом.