Фамилия Канойка — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Её основа — топоним Канойка, и таких точек на карте несколько. Самая вероятная родина носителей фамилии — село Канойка в Тверской области, упоминающееся в писцовых книгах XVI века. Менее известна деревня с тем же названием в бывшей Витебской губернии. Человек, переехавший из такого села в другую местность, получал прозвище по месту выхода: «Канойка» — выходец из Канойки. Фамилия закрепилась за ним и его потомками.

Суффикс -к- в данном случае не уменьшительный, а указательный: он превращает название места в прозвище жителя. По той же модели образованы фамилии Тихвинка, Рыбинка, Смоленка, но Канойка сохранила исходную форму без наращения типичных фамильных суффиксов -ов или -ин. Перед нами не патроним (не «чей сын»), а локативное прозвище, которое так и осталось в именительном падеже.

Само слово «Канойка» — скорее всего, балтийского или финно-угорского происхождения, как и многие гидронимы и топонимы Тверской области. В основе может лежать литовское «kanopa» (копыто) или древнепрусское «kane» (лошадь). Впрочем, для рядового носителя фамилии это означало лишь одно: его предок был «канойским», то есть из деревни Канойка. Другие версии — от тюркского личного имени или от прозвища, связанного с канавой или каналом, — проигрывают топонимической из-за своей натянутости и отсутствия подтверждений в исторических документах.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается почти исключительно в Тверской губернии, что подтверждает версию о локальном очаге её возникновения. Сословно носители были преимущественно государственными крестьянами. Фамилия не перешла в дворянство, не попала в бархатные книги и не имеет известных однофамильцев из знати — это чисто крестьянское, «гнездовое» прозвание, прочно привязанное к одному месту.