Фамилия Кантакузина — редкий случай в русском ономастиконе. Она не крестьянская и не купеческая по происхождению, а восходит к византийскому аристократическому роду Кантакузинов (греч. Καντακουζηνός). В русскую историю фамилия попала через молдавских и валашских бояр, которые в XVII–XVIII веках переходили на службу к русским царям, а затем и в российское дворянство. Женская форма Кантакузина — это либо жена, либо дочь из этого рода (типичная модель для дворянских фамилий на -а, обозначающих принадлежность к роду).

Основа фамилии — греческое прозвище или топоним. Самая распространённая версия: «Кантакузин» происходит от греческих слов «καντά» (край, сторона) и «κουζίνα» (кухня) — то есть «тот, кто у края кухни», что могло быть ироничным прозвищем при дворе. Более серьёзная гипотеза связывает фамилию с местечком Кантакузино в Фессалии (Греция), откуда, возможно, вышел род. Споров вокруг этимологии много, но ясности нет: ни один античный или византийский источник не даёт однозначного перевода.

В русском контексте фамилия Кантакузина — не результат народного прозвища или ремесла, а прямое заимствование. Носительницы этой фамилии в России — почти всегда потомки знатных эмигрантов. Например, известна Мария Кантакузина (урождённая графиня Шереметева), которая в XIX веке вышла замуж за представителя этого рода. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Кантакузина не имеет суффикса принадлежности к отцу или местности — это чистая транслитерация греческой фамилии, что сразу указывает на нерусские корни и высокий социальный статус предков.