Фамилия Канукпаев — редкий случай, когда географический и этнический ключ к разгадке лежит почти на поверхности. С высокой вероятностью, это фамилия казахского или тюркского происхождения, образованная по русской модели патронимического суффикса.

Основа фамилии — личное имя Канукпай (варианты: Канукбай, Коныкбай). В тюркских языках, особенно в казахском, компонент «-бай» означает «богатый», «господин», «владелец» или служил пожеланием богатства и благополучия. Первая часть имени «Канук» (или «Конык») восходит к слову «қонық» — «гость». Таким образом, имя Канукпай можно перевести как «богатый гостями» или «гостеприимный хозяин» — типичное пожелательное имя, которое давали ребёнку, чтобы он вырос щедрым и радушным.

Когда в XIX — начале XX века казахи (и другие народы Российской империи) получали фамилии, к имени отца часто добавляли русский суффикс принадлежности -ев (после основы на твёрдый согласный) или -ов. Так из имени Канукпай возникла фамилия Канукпаев, буквально означающая «сын Канукпая». Фонетический переход «ай» в «а» в конце основы (Канукпай → Канукпа-) перед суффиксом — норма для такой адаптации.

Географически фамилия наиболее характерна для Казахстана и прилегающих регионов России (Оренбургская, Астраханская области, Алтай). Встречаемость за пределами этих мест — скорее результат миграций XX века. Сословного барьера у такой фамилии не было: её могли получить и потомки скотоводов, и выходцы из зажиточных семей, и представители знати — суффикс «-бай» не указывает на реальное богатство, а лишь на пожелание при рождении.

В русском языке фамилия склоняется по мужскому роду как обычное притяжательное прилагательное: Канукпаев, Канукпаева, Канукпаеву. Женский вариант — Канукпаева — не склоняется в значении фамилии замужней женщины (остаётся неизменной по падежам).