Фамилия Канукоева — яркий пример того, как осетинская фамилия вписалась в русскую словообразовательную модель. Её основа указывает на происхождение из осетинской языковой среды, а суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого или шипящего) — на типично русский способ превращения имени или прозвища в фамилию. В осетинском языке фамилии часто оканчиваются на -ты/-ти или -он, но при переходе в русскую документацию их «обрусевали», добавляя суффикс принадлежности: чей? — Канукоев.

Корень фамилии — осетинское имя или прозвище Кануко. В осетинской антропонимии элемент «Кан-» может восходить к имени Кану, которое, в свою очередь, часто связывают с арабским «Кану» (богатый, достаток) или с тюркским «кан» (кровь, род). Однако более вероятно, что это сокращённая форма от полного имени, например, Кануко — уменьшительное от Кантемир (распространённое у осетин и балкарцев) или от имени Кану, которое бытовало у горских народов. Суффикс -ко в осетинских именах (как и в украинских) указывает на ласкательную или уменьшительную форму: Кану — Кануко, то есть «маленький Кану».

С географической точки зрения фамилия Канукоева устойчиво привязана к Северной Осетии, в первую очередь к Дигорскому ущелью. Дигорцы — субэтнос осетин, говорящий на дигорском диалекте, и фамилии с окончанием на -ев, -ов у них не редкость. Носители фамилии Канукоевы традиционно считаются выходцами из селений, расположенных в Ирафском районе. В дореволюционной Осетии фамилия могла указывать на принадлежность к определённому роду (фамилии у осетин были строго родовыми), а не на сословие: среди Канукоевых встречались как свободные горцы-крестьяне, так и представители привилегированных слоёв — уазданы (осетинские дворяне), но точных сведений о сословном статусе конкретной ветви нет.

Интересно, что фамилия Канукоева почти не встречается за пределами Осетии и прилегающих регионов Кавказа, что говорит о её локальном характере и отсутствии массового расселения. В отличие от фамилий на -ов, которые в русской среде могли возникать от разных корней, Канукоева — однозначный маркер осетинского происхождения. Если встретите её в других регионах, скорее всего, это потомки переселенцев времён депортации или миграций XX века.

Однокоренные фамилии — Кануков, Канукоев (мужской вариант), Канукоян (арменизированная форма) — встречаются реже, но подтверждают ту же основу. В осетинской среде фамилия может писаться и как Канукъоты (по осетинской патронимической модели), но в русском паспортном варианте закрепилась именно форма Канукоева.