Фамилия Капернаумова — случай, когда прозвище или фамилия образована от библейского топонима напрямую, без посредников. В основе лежит название города Капернаум, многократно упомянутого в Новом Завете. На карте Израиля это место есть до сих пор — развалины древнего поселения на берегу Галилейского моря. Капернаум был центром проповеди Христа, в Евангелиях его называют «Своим городом». Почему русского человека могли прозвать в честь чужого города? Тут два вероятных объяснения.

Первое — церковное. Священник или монах, который часто читал Евангелие, мог получить в семинарии или в монастыре прозвище Капернаум за начитанность, за любовь к этому месту, за особое толкование текстов. Второе — бытовое, более грубое. В народной речи «капернаум» иногда означало хаос, неразбериху, шумное и беспорядочное место (от евангельского описания города, полного народа и чудес). Человека, жившего в беспорядке или, наоборот, в центре событий, могли так дразнить.

Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую модель образования: сначала было прозвище Капернаум, а потом от него пошла фамилия Капернаумов (для мужчин) и Капернаумова (для женщин). Форма на -а типична для женского рода, но в быту фамилия не склоняется как прилагательное — это чистая фамилия-существительное. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Каперна́умова, хотя в разговорной речи возможны варианты.

Фамилия редкая, её носители вряд ли были крестьянами — слишком книжная и необычная основа. Скорее всего, предки имели отношение к духовенству, церковной среде или, как минимум, к грамоте. В дореволюционных списках такая фамилия встречается эпизодически, в основном в центральных губерниях, но не образует плотных гнёзд. Сравните с однокоренными: Иерусалимов, Вифлеемов — все они шли по той же модели от географических названий Святой земли. Капернаумова стоит в этом ряду как самая необычная, потому что сам топоним звучит для русского уха экзотично и тяжеловато.