Фамилия Каперко — редкий пример украинской фамилии, образованной от прозвища, связанного с мореплаванием. Её основа — слово «капер» (частный моряк, занимавшийся с разрешения своего правительства захватом вражеских торговых судов, то есть корсар или приватир). Суффикс -ко типичен для восточноукраинских фамилий (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) и указывает на происхождение от прозвища или профессии: Капер → Каперко, то есть «сын или потомок Капера».

Прозвище Капер вряд ли было прямым указанием на род занятий предка — в украинских сёлах XVII–XIX веков каперов не водилось. Скорее, это метафорическое прозвище, которое давали человеку за характер: дерзкому, предприимчивому, склонному к риску, или тому, кто любил «пиратские» шутки и захват чужого добра в спорах. Встречается и более прозаичная версия: Капер могло быть фонетическим вариантом прозвища Капор (от «капор» — старинный женский головной убор или капюшон), но связь с морским термином выглядит выразительнее и лучше объясняет редкость фамилии.

Географически фамилия Каперко привязана к центральной и восточной Украине. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она изредка встречается в Полтавской и Харьковской губерниях, а также среди переселенцев на Кубани. В России фамилия остаётся малочисленной — носители живут в основном в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переехали в ходе аграрных переселений конца XIX — начала XX века.

Словообразовательная модель прозрачна: основа Капер- + суффикс -к- + окончание -о. По типу это «украинская фамилия на -ко», самая массовая группа в украинской антропонимии. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Ка́перко, хотя в разговорной речи встречается вариант Капе́рко под влиянием фамилий на -е́рко (например, Шеве́рко). Однокоренные фамилии — Капер, Каперов, Каперук — встречаются реже и тоже указывают на то же прозвище.

Никаких дворянских корней или знаменитых однофамильцев в истории не зафиксировано. Фамилия осталась крестьянской и казачьей, что типично для прозвищных фамилий на -ко. Если вы носите фамилию Каперко, ваш предок, скорее всего, был человеком с характером — смелым, предприимчивым, не чуждым авантюры, за что и получил прозвище, пережившее века.